Записи о цифровых финансовых активах и их собственниках ведутся в информационных системах. Бесперебойную работу информационных систем обеспечивают операторы. Через оператора инвесторы получают доступ к информационной системе: каждому владельцу ЦФА присваивается уникальный код, с помощью которого можно просматривать информацию о своих активах и совершать с ними сделки.

Операторы также занимаются организацией обращения и учетом ЦФА, обеспечивают совершение сделок с цифровыми активами и проведение расчетов по ним. Среди других обязанностей операторов информационных систем (ОИС) — взаимодействие с органами власти по вопросам предоставления информации и исполнения решения судов.

Выпускать ЦФА имеют право ОИС, официально включенные в реестр Центрального Банка. Стать операторами могут только российские юридические лица. Помимо этого, регулятор выдвигает строгие требования к отказоустойчивости системы, информационной безопасности, стажу и квалификации руководящих органов, организации внутреннего контроля и управления рисками, операционной деятельности, а также правилам информационной системы. В правилах зафиксирован порядок работы системы, а также права и обязанности оператора. Этот документ и любые правки в нем согласовываются ЦБ РФ.